PYLIS sekvencia

Predikovaná sekundárna štruktúra PYLIS sekvencie

Ako PYLIS sekvencia^{[chýba zdroj} (PYLIS: pyrrolysine insertion sequence) sa v molekulárnej biológii označuje vlásenková štruktúra, ktorá je prítomná v niektorých sekvenciách mRNA. Kedysi sa predpokladalo, že tento štruktúrny motív spôsobuje, že sa stop kodón UAG (amber) prekladá na aminokyselinu pyrolyzín namiesto ukončenia translácie.^[1]^[2]^[3] Tento proces by bol analogický k SECIS elementu, ktorý signalizuje vloženie selenocysteínu namiesto UGA (opal) stop kodónu. Bolo však ukázané, že prítomnosť PYLIS nemá u modifikovanej E. coli žiadny efekt na účinnosť potlačenia funkcie UAG ako stop kodónu,^[4] takže je vlastne pomenovanie tejto sekvencie nesprávne.

Referencie

↑ Reprogrammed genetic decoding in cellular gene expression. Molecular Cell, 2004, s. 157–168. DOI: 10.1016/S1097-2765(04)00031-0. PMID 14759362.
↑ Evidence for the existence in mRNAs of a hairpin element responsible for ribosome dependent pyrrolysine insertion into proteins. Biochimie, 2005, s. 813–817. DOI: 10.1016/j.biochi.2005.03.006. PMID 16164991.
↑ Pyrrolysine and selenocysteine use dissimilar decoding strategies. J. Biol. Chem., May 2005, s. 20740–20751. DOI: 10.1074/jbc.M501458200. PMID 15788401.
↑ Adding pyrrolysine to the Escherichia coli genetic code. FEBS Letters, November 2007, s. 5282–5288. DOI: 10.1016/j.febslet.2007.10.022. PMID 17967457.

Literatúra

In vivo contextual requirements for UAG translation as pyrrolysine. Mol. Microbiol., January 2007, s. 229–241. DOI: 10.1111/j.1365-2958.2006.05500.x. PMID 17140411.
THEIL HAVE, C; Zambach, S; Christiansen, H. Effects of using coding potential, sequence conservation and mRNA structure conservation for predicting pyrrolysine containing genes. BMC Bioinformatics, April 4, 2013, s. 118. DOI: 10.1186/1471-2105-14-118. PMID 23557142.

Zdroj

Biologický portál

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku PYLIS downstream sequence na anglickej Wikipédii.

Tento článok týkajúci sa biológie je zatiaľ „výhonok“. Pomôž Wikipédii tým, že ho doplníš a rozšíriš.

Zdroj:
Text je dostupný za podmienok Creative Commons Attribution/Share-Alike License 3.0 Unported; prípadne za ďalších podmienok. Podrobnejšie informácie nájdete na stránke Podmienky použitia.

[pmid14759362-1] Reprogrammed genetic decoding in cellular gene expression. Molecular Cell, 2004, s. 157–168. DOI: 10.1016/S1097-2765(04)00031-0. PMID 14759362.

[pmid16164991-2] Evidence for the existence in mRNAs of a hairpin element responsible for ribosome dependent pyrrolysine insertion into proteins. Biochimie, 2005, s. 813–817. DOI: 10.1016/j.biochi.2005.03.006. PMID 16164991.

[pmid15788401-3] Pyrrolysine and selenocysteine use dissimilar decoding strategies. J. Biol. Chem., May 2005, s. 20740–20751. DOI: 10.1074/jbc.M501458200. PMID 15788401.

[4] Adding pyrrolysine to the Escherichia coli genetic code. FEBS Letters, November 2007, s. 5282–5288. DOI: 10.1016/j.febslet.2007.10.022. PMID 17967457.

[1]

[2]

[3]

[4]

z d u Syntéza proteínov
Expresia génu	aktivátor enhancer exón gén induktor intrón operón represor silencer
Nukleové kyseliny	DNA RNA pre-mRNA mRNA snRNA tRNA RNAi rRNA
Transkripcia	adenozíntrifosfát fosfodiesterová väzba komplementarita operátor palindróm posttranskripčná úprava primárny transkript promótor RNA polymeráza sigma faktor stimulačný proteín transkripcie spliceozóm TATA box transkripčná jednotka transkripcia mimochromozómovej DNA transkripčný faktor
Translácia	aminoacyl tRNA syntetáza aminokyselina antikodón elongačný faktor endoplazmatické retikulum genetický kód guanozíntrifosfát iniciačný faktor kodón kotranslačná úprava proteosyntetický faktor PYLIS sekvencia ribozóm peptid peptidová väzba peptidyltransferáza posttranslačná úprava SECIS element stop kodón štart kodón translácia mimochromozómovej DNA uvoľňovací faktor