Chromozóm Y je jeden z dvoch pohlavných chromozómov (gonozómov). Cicavce, ktoré majú jeden chromozóm Y a druhý chromozóm X, sú samčieho pohlavia – označuje sa XY. Jedince samičieho pohlavia majú oba chromozómy X – označuje sa XX.
Kombinácia YY nemôže z princípu existovať vďaka pohlavnému rozmnožovaniu. Pohlavné bunky (gaméty) majú len jednu sadu chromozómov, a teda môžu obsahovať buď chromozóm X alebo Y. Keďže samec má kombináciu XY, polovica jeho spermii má chromozóm X a polovica Y. Samica má kombináciu XX, preto všetky jej vajíčka budú mať pohlavný chromozóm X. Spojením spermie a vajíčka tak môžu vzniknúť len kombinácie XX a XY. Existujú genetické poruchy, pri ktorých môže budúci jedinec obsahovať dva pohlavné chromozómy X (vždy X – u človeka syndróm žena)

Tento článok týkajúci sa biológie je zatiaľ „výhonok“. Pomôž Wikipédii tým, že ho doplníš a rozšíriš.