Chemik Ing. Prokop vynašiel výbušninu s názvom krakatit, ktorá má obrovskú deštrukčnú silu. Táto výbušnina však má jeden nedostatok – vybuchuje sama od seba. V horúčkach a poblúznení stretáva svojho bývalého spolužiaka Tomeša, ktorý sa o neho stará. V stave poblúznenia mu vyzradí neúplný recept na prípravu krakatitu. Následne sa prebudí a zistí, že Tomeša niet. Nájde ho však tajomná dievčina so závojom, ktorú neskôr hľadá celý príbeh. V horúčkach sa ocitne v Týnci, v mestečku, kde pôsobí ako lekár Tomešov otec. Zostáva tam a zotavuje sa z choroby. Postupne zabúda na krakatit. Neskôr nájde inzerát v novinách, že ho hľadá istý pán Carson, ktorý chce od neho recept na krakatit kúpiť. Dostáva sa do Balltinu do Carsonovho laboratória a nasilu ho nútia, aby im vydal krakatit. Vzpiera sa a odmieta im ho dať a tak ho tam držia dlhší čas. Zamiluje sa tam do princeznej a táto zakázaná láska sa nepáči celému osadenstvu. Využijú situáciu a ponúknu mu princeznú za ženu a pozíciu majora. Prokop sa podvolí a rozhodne sa recept na krakatit prezradiť. Princezná však pochopi nebezpečenstvo tejto zbrane a sama prepašuje Prokopa z laboratória. Začína sa kolotoč falše a lží z každej strany, pretože všetci chcú získať krakatit. Prokop zatúži po žene so závojom a jediný človek, ktorý má o nej informácie, je Tomeš. Tomeš pritom medzitým pracuje na výrobe krakatitu pre rivala. Prokop sa vydáva na cestu za spolužiakom, no prístup je mu zamedzený. Od laboranta svojho spolužiaka Tomeša sa dozvedá, že výrobu krakatitu majú takmer na dosah a je to len otázka minút. Vydesený Prokop uteká z továrne preč. Onedlho celá továreň spolu s mestom vybuchnú. Vydesený, sám sebe vyčítajúci Prokop kráča bezcieľne a stretáva sa so záhadným starčekom (je tu istá analógia s Bohom), ktorý mu ukáže, že svet nestojí iba za jeho zničenie. Poukázal na záchranu sveta. Prokop pod ťarchou spomienok zabúda vzorec na výrobu krakatitu. Po dlhom čase sa pokojne uloží spať.

Dielo je prepojenie fantázie, drámy a komédie. Hlavnou ideou/pointou diela je výstraha ľudstvu pred hrozbami militarizmu. Román Krakatit je nadčasové dielo, ktoré má nepochybne odozvu aj v súčasnosti.

Prokop: Proč mne potkalo tolik věcí?

Dědeček: To se jen zdá. Co člověk potkává, vychází z něho.

Prokop: Dědečku, jednal jsem špatně?

Dědeček: Špatně, nešpatně. Lidem jsi ublížil.

Prokop: Byl jsem zlý?

Dědeček: Nebylo v tobě čisto. Člověk má víc myslet nežli cítit. A ty jsi se hrnul do všeho jako praštěný.