Toto je zoznam rektorov Masarykovej univerzity a obdobie ich pôsobenia.

1. Karel Engliš (1919–1920)
2. Pavel Ludvík Kučera (1920–1921)
3. Bohumil Kužma (1921–1922)
4. Václav Vondrák (1922–1923)
5. František Weyr (1923–1924)
6. Edward Babák (1924–1925)
7. Vojtěch Rosický (1925–1926)
8. Bohumil Navrátil (1926–1927)
9. Jaroslav Kallab (1927–1928)
10. Otomar Völker (1928–1929)
11. Bohuslav Hostinský (1929–1930)
12. Stanislav Souček (1930–1931)
13. Bohumil Baxa (1931–1932)
14. Rudolf Vanýsek (1932–1933)
15. Jan Zavřel (1933–1934)
16. Jan Krejčí (1934–1935)
17. Dobroslav Krejčí (1935–1936)
18. František Berka (1936–1937)
19. Josef Podpěra (1937–1938)
20. Arne Novák (1938–1939)
21. Josef Podpěra (1939–1942)
22. Václav Neumann (1945–1947)
23. Ladislav Seifert (1947–1948)
24. František Trávníček (1948–1959)
25. Theodor Martinec (1959–1969)
26. Jaromír Vašků (1970–1973)
27. Vojtěch Kubáček (1973–1983)
28. Bedřich Čerešňák (1983–1990)
29. Milan Jelínek (1990–1992)
30. Eduard Schmidt (1992–1998)
31. Jiří Zlatuška (1998–2004)
32. Petr Fiala (2004–2011)
33. Mikuláš Bek (2011–2019)
34. Martin Bareš (od 2019)