Toto je zoznam chránených území v okrese Jindřichův Hradec aktuálny k septembru roku 2016, v ktorom sú uvedené chránené územia v oblasti okresu Jindřichův Hradec.

Kód	Obrázok	Názov	Druh	Galéria Commons	Popis územia
1977		Blanko	Prírodná rezervácia		Mezotrofný rybník s litorálnymi porastmi a lúčne rašelinisko
5467		Branské doubí	Prírodná pamiatka		Krajinný fragment tvorený lesnými porastmi s poloprirodzenou druhovou skladbou
1300		Bukové kopce	Prírodná rezervácia		V juhočeskej panve jedinečná ukážka prirodzenej bučiny
2465		Červené blato	Národná prírodná rezervácia		Rozsiahle rašelinisko s porastom blatky
		Česká Kanada	PrP
1777		Dědek u Slavonic	Prírodná pamiatka		Mezotrofný rybník s vysokou druhovou diverzitou fyto- i zooplanktónu.
1966		Dračice	Prírodná rezervácia		Meandrujúci úsek rieky s významnou flórou a faunou
2096		Dubová stráň	Prírodná pamiatka		Zachovanie prevažne dubových a zmiešaných porastov s druhovo veľmi bohatým bylinným poschodím
599		Fabián	Prírodná rezervácia		Prirodzená zmiešaná podhorská bučina
2215		Gebhárecký rybník	Prírodná pamiatka		Oligomezotrofný rybník s typickou vegetáciou a naň nadväzujúce lúčne rašelinisko
1373		Hadí vrch	Prírodná rezervácia		Borievkový porast s cennou machovou a lišajníkovou vegetáciou
1956		Horní Lesák	Prírodná pamiatka		Rada Juhočeského kraja svojim nariadením č.10/2011 ruší predchádzajúce nariadenia OÚ Jindřichův Hradec o zriadení PP Horní Lesák a PP Luží u Lovětína a zriaďuje novú PP Rybníky u Lovětína.
1707		Horní Lužnice	Prírodná rezervácia		Niva Lužnice s prirodzeným korytom a početnými meandrami, mozaika lúčnych a mokraďových biotopov
2216		Hrádeček	Prírodná rezervácia		Ochrana mokraďových biotopov rašelinísk, rašelinných lúk, rybníkov
1372		Jalovce u Kunžaku	Prírodná pamiatka		Významná lokalita borievky obyčajnej
1369		Jalovce u Valtínova	Prírodná pamiatka		Zachovalý súvislý porast borievky obyčajnej
1375		Kaproun	Národná prírodná pamiatka		Prechodové rašelinisko s množstvom vstavačov, v rybníčku lekno biele
1954		Krabonošská niva	Prírodná rezervácia		Bohaté mokraďové spoločenstvá v nive Lužnice
6027		Kramářka	Prírodná pamiatka		Pestrý komplex lúčnych, mokraďových a vodných biotopov v riečnej nive Nežárky
2095		Králek	Prírodná pamiatka		Ochrana populácie kriticky ohrozenej pobrežnice jednokvetej (Litorella uniflora), prostredníctvom ochrany ekosystému rybníka
1734		Krvavý a Kačležský rybník	Prírodná rezervácia		Pobrežné zóny rybníkov, mokrade vzájomne prepojené ochranným pásmom, vtáčie hniezdisko
2217		Kysibl	Prírodná pamiatka		Lesné spoločenstvá lužných lesov a dubohrabín s bohatým bylinným poschodím
601		Lipina	Prírodná pamiatka		Zvyšok pôvodnej lipovej dúbravy
1722		Losí blato u Mirochova	Prírodná rezervácia		Zachovalý rašelinný komplex s poloprirodzenými až prirodzenými lesnými ekosystémami
1957		Luží u Lovětína	Prírodná pamiatka		Rada Juhočeského kraja svojim nariadením č.10/2011 ruší predchádzajúce nariadenia OÚ Jindřichův Hradec o zriadení PP Horní Lesák a PP Luží u Lovětína a zriaďuje novú PP Rybníky u Lovětína.
5667		Malý Bukač	Prírodná pamiatka		Ochrana ekosystému rybníka a okolitých stanovísk s výskytom zvlášť chránených a významných druhov živočíchov
1976		Matenský rybník	Prírodná pamiatka		Mokraďové biotopy so vzácnou faunou a flórou
1721		Meandre Lužnice	Prírodná rezervácia		Nariadením správy CHKO Třeboňsko zo dňa 11.2.2014 sa rušia PR Meandry Lužnice. Tieto sa stávajú súčasťou NPR Stará a Nová Řeka.
5878		Moravská Dyje	Prírodná pamiatka		Chránené a vzácne druhy živočíchov a rastlín viazané na biotop vodného toku
1778		Mutenská obora	Prírodná rezervácia		Zvyšok prirodzených a poloprirodzených zmiešaných a listnatých porastov
1925		Na Ivance	Prírodná rezervácia		Meandrujúci tok rieky s ramenami, lužné a zmiešané porasty s borovicou
1723		Novořecké močály	Prírodná rezervácia		Nariadením správy CHKO Třeboňsko zo dňa 11.2.2014 sa rušia PR Meandry Lužnice, Novořecké močály. Tieto sa stávajú súčasťou NPR Stará a Nová Řeka.
1720		Olšina u Přeseky	Prírodná rezervácia		Olšina vo výtope rybníka Vydýmača so zachovalými rastlinnými spoločenstvami
1374		Olšina u Volfířova	Prírodná pamiatka		Zachovalý komplex potočných a pramenných olšín s hojným výskytom bledule jarnej
2219		Pazourův rybník	Prírodná pamiatka		Zachovanie a zlepšenie podmienok pre výskyt populácie lekna bieleho
1955		Pískovna na cvičišti	Prírodná pamiatka		Ochrana vzácnych mokraďových živočíchov
2135		Pískovna u Dračice	Prírodná pamiatka		Unikátne geologicko-geomorfologické javy na báze kvartérnych sedimentárnych vrstiev
1726		Rašelinisko Hovízna	Prírodná rezervácia		Významné rašelinisko s cennými spoločenstvami rastlín a živočíchov
2220		Rašelinisko Klenová	Prírodná pamiatka		Zachovanie mokraďových biotopov, predovšetkým lúčneho rašeliniska s radom rastlinných a živočíšnych druhov a spoločenstiev
2221		Rašelinisko Mosty	Prírodná pamiatka		Zachovanie mokraďových biotopov, predovšetkým lúčneho rašeliniska a pobrežia rybníka
1683		Rašelinisko Pele	Prírodná rezervácia		Rašelinisko v počiatočnom štádiu vývoja na prítokoch rybníka Vydýmača
5668		Rašelinisko Radlice	Prírodná pamiatka		Ochrana sústavy rybníkov a prechodného rašeliniska s výskytom zvlášť chránených a významných druhov živočíchov
1370		Rašelinisko u Suchdola	Prírodná pamiatka		Rašelinisko s výskytom reliktných druhov machu
1392		Ruda u Kojákovic	Prírodná rezervácia		Z biologického hľadiska najcennejší rybník s priľahlými mokraďami v juhozápadnej časti Třeboňska, významné hniezdisko chránených a ohrozených vodných vtákov.
5650		Rybníky u Lovětína	Prírodná rezervácia		Komplex cenných mokraďových biotopov rybníkov, tôní a lúk, ochrana na ne viazaných rastlín a živočíchov
1727		Rybníky u Vitmanova	Prírodná rezervácia		Rybníky Nový Vdovec a Ženich s priľahlými rašeliniskami a mokraďami
2218		Skalák u Senotína	Prírodná rezervácia		Zachovanie vodného režimu, zachovanie pôdnych pomerov a udržaním vysokej druhovej diverzity
398		Slepičí vršek	Prírodná pamiatka		Piesočná duna s typickou kvetenou
1843		Soví les	Prírodná pamiatka		Starší lesný porast na rašeline s veľkou druhovou, vekovou a priestorovou diverzitou drevín
407		Stará a Nová řeka (Pozri Stará řeka)	Národná prírodná rezervácia		Meandrujúcí tok s lužnými porastami, lúkami a lesmi, hniezdiská vtáctva
1724		Staré jezero	Prírodná rezervácia		Litorálne porasty rybníka a priľahlé rašeliniská so vzácnou kvetenou a faunou
1903		Stržená hráz	Prírodná pamiatka		Zachovaný komplex lúčnych a mokraďovch spoločenstiev
1708		Široké blato	Prírodná rezervácia		Rašelinisko s porastom blatky a rojovníkom močiarnym
1368		Toužínské stráně	Prírodná pamiatka		Rulový lom s teplomilnými spoločenstvami a bohatým výskytom motýľov
2232		Trpnouzské blato	Prírodná rezervácia		Nariadením správy CHKO Třeboňsko zo dňa 11.2.2014 sa ruší PR Trpnouzské blato. Toto sa stáva súčasťou NPR Žofinka
32		CHKO Třeboňsko	Chránená krajinná oblasť
498		Velký a Malý Tisý	Národná prírodná rezervácia		Jedna z najvýznamnejších ornitologických rezervácií ČR, sústava rybníkov, lúk, lesíkov a polí
1776		Velký Troubný	Prírodná pamiatka		Mezotrofný rybník s vysokou druhovou diverzitou fyto- i zooplanktónu
1371		Vizír	Národná prírodná pamiatka		Lesný rybník, hniezdisko vodných vtákov a bociana čierneho
1725		Výtopa Rožmberka	Prírodná rezervácia		Rozľahlý komplex litorálnych porastov rybníka a mokrých lúk so vzácnymi spoločenstvami
1709		Záblatské louky	Prírodná rezervácia		Komplex porastov litorálnej vegetácie, rašelinných a vlhkých kosených lúk, na Třeboňsku už ojedinelý
711		Zhejral	Národná prírodná pamiatka
5886		Žofina Huť	Prírodná pamiatka		Ochrana vzácnych a ohrozených druhov živočíchov
608		Žofinka	Národná prírodná rezervácia		Rozľahlé rašelinisko s rašelinným lesom a bohatou kvetenou i zvieratstvom

• Dáta v tabuľke boli prevzaté z databázy AOPK ČR.
• Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Seznam chráněných území v okrese Jindřichův Hradec na českej Wikipédii.