A | B | C | D | E | F | G | H | CH | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9
Z-DNA je jedna z mnoha možných dvoušroubovicových struktur DNA. Jedná se o levotočivý útvar, ve kterém se šroubovice stáčí vlevo (na rozdíl od běžnější B-DNA, jejíž šroubovice se stáčí doprava) podle "cik-cak" vzoru. Společně s A-DNA a B-DNA je Z-DNA uznávána za jednu ze tří biologicky činných dvoušroubovicových struktur.
Historie
Z-DNA byla první objasněná krystalická struktura DNA molekuly. Tento objev učinili Andrew Wang, Alexander Rich a jejich spolupracovníci v roce 1979 v MIT. Pokusná krystalizace z B- na Z-DNA spojení v roce 2005 umožnila lepší pochopení úlohy, kterou hraje Z-DNA pro buňky.
V roce 2007 byla RNA varianta Z-DNA popsána jako transformace A-RNA dvojité šroubovice na dvojitou levotočivou šroubovici.
Struktura
Z-DNA je poměrně odlišná od pravotočivých forem. Ve skutečnosti se Z-DNA často porovnává s B-DNA pro pochopení největších rozdílů. Jak již bylo řečeno, šroubovice Z-DNA je levotočivá a její struktura se opakuje vždy po dvou základních párech. Malý a velký žlábek na rozdíl od A- a B-DNA vykazují rozdílnou šířku. Z-DNA může vytvořit spojení s B-DNA ve struktuře, která umožňuje extruzi základního páru.
Předpovídání Z-DNA struktury
Je možné předem určit pravděpodobnost, s jakou DNA sekvence zformuje Z-DNA strukturu. Algoritmus pro výpočet náchylnosti reformace z B- na Z- formu, ZHunt, byl vytvořen doktorem P. Shing Ho v roce 1984 v MIT. Tento algoritmus později vyvíjeli Tracy Camp, P. Christoph Champ, Sandor Maurice, a Jeffrey M. Vargason v čele s P. Shing Ho pro použití k mapování genetických informací uložených v Z-DNA.
Biologický význam
Ačkoli definitivní biologický význam Z-DNA nebyl stanoven, usuzuje se, že jejím účelem je zajišťovat podporu transkripce DNA. Potenciál pro zformování Z-DNA formace také koreluje s regiony aktivní transkripce.
Přechod DNA do Z-formy je mechanismus účinku toxického efektu ethidium bromidu na trypanozomy. Ethidium bromid se interkaluje do jejich kinetoplastidové DNA, což rozvolňuje strukturu DNA až do úrovně přechodu na Z-formu, což vyvolává zablokování transkripce jejich kinetoplastidové DNA[1].
Porovnání sestavení některých forem DNA
Atribut | A-DNA | B-DNA | Z-DNA |
Točivá tendence šroubovice (chiralita) | pravotočivá | pravotočivá | levotočivá |
Opakování | po každém páru | po každém páru | po každých dvou párech |
Otočení po každém opakování | 32,7° | 34,3° | -60°/2 páry |
Průměrný počet párů na jedno otočení šroubovice | 11 | 10,5 | 12 |
Sklon páru k ose | 20° | −1,2° | -9° |
Vzestup vůči ose na jeden pár | 2,3 Å (0,25 nm) | 3,32 Å (0,34 nm) | 3,8 Å (0,37 nm) |
Vzestup vůči ose na jednu otočku | 28,2 Å (2,82 nm) | 33,2 Å (3,32 nm) | 45,6 Å (4,56 nm) |
Průměr | 23 Å (2,3 nm) | 20 Å (2,0 nm) | 18 Å (1,8 nm) |
Konformace nukleosidu | anti | anti | C: anti, G: syn |
Konformace ribofuranózy | C3'-endo | C2'-endo | C: C2'-endo, G: C3'-endo |
Odkazy
Reference
- ↑ ROY CHOWDHURY, Arnab, Bakshi, Rahul; Wang, Jianyang; Yildirir, Gokben; Liu, Beiyu; Pappas-Brown, Valeria; Tolun, Gökhan; Griffith, Jack D.; Shapiro, Theresa A.; Jensen, Robert E.; Englund, Paul T.; Ullu, Elisabetta. The Killing of African Trypanosomes by Ethidium Bromide. PLoS Pathogens. 2010-12-16, roč. 6, čís. 12, s. e1001226. DOI 10.1371/journal.ppat.1001226.
Související články
Externí odkazy
- Obrázky, zvuky či videa k tématu Z-DNA na Wikimedia Commons
- Stránky ZHunt algoritmu: ZHunt online
Text je dostupný za podmienok Creative Commons Attribution/Share-Alike License 3.0 Unported; prípadne za ďalších podmienok. Podrobnejšie informácie nájdete na stránke Podmienky použitia.
Antropológia
Aplikované vedy
Bibliometria
Dejiny vedy
Encyklopédie
Filozofia vedy
Forenzné vedy
Humanitné vedy
Knižničná veda
Kryogenika
Kryptológia
Kulturológia
Literárna veda
Medzidisciplinárne oblasti
Metódy kvantitatívnej analýzy
Metavedy
Metodika
Text je dostupný za podmienok Creative
Commons Attribution/Share-Alike License 3.0 Unported; prípadne za ďalších
podmienok.
Podrobnejšie informácie nájdete na stránke Podmienky
použitia.
www.astronomia.sk | www.biologia.sk | www.botanika.sk | www.dejiny.sk | www.economy.sk | www.elektrotechnika.sk | www.estetika.sk | www.farmakologia.sk | www.filozofia.sk | Fyzika | www.futurologia.sk | www.genetika.sk | www.chemia.sk | www.lingvistika.sk | www.politologia.sk | www.psychologia.sk | www.sexuologia.sk | www.sociologia.sk | www.veda.sk I www.zoologia.sk