Mikroevolúcia je variácia existujúcich biologických orgánov a štruktúr v rámci vymedzených hraníc zložitosti, resp. kategória evolúcie zahrňujúca zmeny malého rozsahu. Je komplementárnym termínom k makroevolúcii. Vo všeobecnosti sa má za to, že tento termín po prvýkrát použil sovietsky biológ a genetik Jurij Filipčenko (po rus. Юрий А. Филипченко) v r.1927: "Moderná genetika nepochybne reprezentuje závoj evolúcie jordánskych a Linnéovských biotypov (mikroevolúciu) na rozdiel od vyšších systematických skupín (makroevolúcia), ktoré boli po dlhý čas stále v centre pozornosti. To slúži na podčiarknutie vyššie uvedených úvah o absencii akéhokoľvek vnútorného prepojenia medzi genetikou a evolučnou doktrínou, ktorá sa predovšetkým zaoberá makroevolúciou." V opozícii k tomuto názoru stál Dobzhansky, podľa ktorého makro- a mikroevolúcia sú navzájom neoddeliteľné: "Zdá sa že skúsenosť nám ukazuje, že neexistuje spôsob akým by bolo možné rozumieť mechanizmom makroevolučných zmien. Ich pozorovanie si vyžadujú časové obdobia v geologickom rozsahu nad rámec možností jednotlivca limitovaného dĺžkou ľudského života, ktorého chápanie je tak limitované len na mechanizmy mikroevolúcie."

Prívrženci gradualistickej teórie evolúcie zastávajú názor, že mikroevolúcia v dostatočne dlhom časovom priebehu nakoniec vedie k makroevolučným zmenám.