Fázová variácia je v molekulárnej biológii proces, ktorým organizmy, najmä baktérie, regulujú expresiu génov mechanizmom konzervatívnej miestne špecifickej rekombinácie. Fázová variáca pomáha patogénom unikať imunitnému systému stavovcov, ktorý si vytvára špecifické protilátky proti antigénom parazita. Fázová variácia sa používa aj v technikách molekulárnej biológie a génovom inžinierstve na časovú a priestorovú identifikáciu úlohy jednotlívých génov.

Baktéria Salmonella spp. má v genóme dva gény, ktoré kódujú flagelín, čo je povrchový proteín, ktorý vytvára bakteriálny bičík. Promotor, ktorý kontroluje flagelínový gén H2, aktivuje transkripciu H2 flagelínového génu a aj represorového proteínu, ktorý blokuje expresiu flagelínového génu H1.

Konzervatívna miestne špecifická rekombinácia vyvolá inverziu (otočenie) úseku DNA, ktorý obsahuje asi tisíc bázových párov, pričom tento úsek DNA obsahuje vyššie spomínaný promotor flagelínového génu. zatiaľčo pôvodne promotor aktivoval transkripciu H2 flagelínového génu (a represorového proteínu), po konzervatívnej miestne špecifickej rekombinácii je promotor otočený a aktivuje transkripciu flagelínového génu H1.

Inverzia vyžaduje špecifické DNA úseky a enzým rekombinázu, ktorá je kódobaná invertovateľným úsekom DNA. Táto konzervatívna miestne špecifická rekombinácia je aktivivaná len raz za 100000 bunkových delení, preto je produkcia daného flagelínu dedičná.

Význam fázovej variácie u baktérie Salmonella spp. je v úteku imunitnej odpovedi hostiteľa na antigén, ktorým je práve flagelín. Baktéria, ktorá úspečene zrealizuje fázovú variáciu, bude schopná prežiť a množiť sa vďaka tomu, že organizmus bude vyrábať protilátky proti inému flagelínu.

• Konzervatívna miestne špecifická rekombinácia
• Mobilný genetický element
• Rekombináza