Cahnov-Ingoldov-Prelogov R,S-systém - Biblioteka.sk

Panta Rhei Doprava Zadarmo


A | B | C | D | E | F | G | H | CH | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9

Cahnov-Ingoldov-Prelogov R,S-systém

Cahnov-Ingoldov-Prelogov R,S-systém (iné názvy: Cahnova–Ingoldova–Prelogova nomenklatúra, Cahnovo-Ingoldovo-Prelogovo názvoslovie, pravidlá poradia CIP, Cahnove-Ingoldove-Prelogove pravidlá, CIP pravidlá) pomenovaný podľa organických chemikov Roberta Sidneyho Cahna, Christophera Kelka Ingolda a Vladimira Preloga je štandardný proces kompletného a jednoznačeného pomenovávania stereoizomérov molekúl v organickej chémii. Princípom pravidiel CIP je určiť deskriptor R alebo S na každom stereocentre a deskriptor E alebo Z na každej dvojitej väzbe tak, aby v systematickom názve bola špecificky určená konfigurácia celej molekuly i pomocou týchto deskriptorov. Molekula môže obsahovať ľubovoľný počet stereocentier a dvojitých väzieb a každé z nich môže existovať v dvoch izoméroch. Molekula s n stereogénnymi centrami má zvyčajne 2n stereoizomérov a 2n−1 diastereomérov (párov enantiomérov). Pravidlá poradia CIP napomáhajú presnému pomenovaniu všetkých stereomérov všetkých organických a organokovových molekúl, v ktorých majú všetky atómy 4 alebo menej väzieb (prípadne 6, kedy sa jedná o „počet susediacich atómov“ na danom centre).

Príklad priorizácie štruktúry podľa pravidiel CIP. Priorita je určená podľa substitúcie prvkov s vyšším protónovým číslom alebo iných skupín. Červenou farbou sú zvýraznené substituenty, ktoré určujú konečnú prioritu.

Kľúčový článok predstavujúci pravidlá CIP bol publikovaný v roku 1966 a potom ho nasledovali ďalšie úpravy, než bol v roku 1974 doplnený do pravidiel Medzinárodnej únie pre čistú a aplikovanú chémiu (IUPAC), ktorá určuje organické názvoslovie. Odvtedy boli pravidlá upravované, naposledy v roku 2013, a sú súčasťou knihy Názvoslovie organických zlúčenín od IUPAC.

Jeden z novších článkov navrhuje isté zmeny k niektorým pravidlám (konkrétne 1b a 2), u ktorých nie sú jasné správne deskriptory. Ostáva však iný problém: vo vzácnych prípadoch majú dva rôzne stereoizoméry tej istej molekuly zhodné CIP deskriptory, takže CIP pravidlá nemusia byť schopné pomenovať stereomér jednoznačne a môže byť lepšie využiť iné názvoslovie.

Postup v pomenovávaní

Jednotlivé kroky v pomenovávaní pomocou pravidiel CIP sú:

  1. Identifikácia stereocentier a dvojitých väzieb
  2. Určenie priorít skupín napojených na každé stereocentrum alebo atóm dvojitej väzby
  3. Priradenie R/S a E/Z deskriptorov

Určenie priorít

R/S a E/Z deskriptory sú priradené podľa pravidiel určovania priorít skupín naviazaných na každé stereocentrum. Tento proces je hlavnou časťou CIP pravidiel. Prehľad pravidiel uvedený v tejto sekcii vynecháva niektoré pravidlá vyžadované len vo vzácnych prípadoch:

  1. Porovnáme protónové čísla (Z) atómov naviazaných priamo na stereocentrum; skupina s atómom s vyšším protónovým číslom má vyššiu prioritu.
  2. V prípade zhody porovnáme atómy vo vzdialenosti 2 od stereocentra — vytvoríme zoznam atómov pre každú skupinu atómov naviazaných priamo na atóm naviazaný na stereocentrum. Každý zoznam musí byť usporiadaný zostupne podľa atómového čísla. Následne porovnávame zoznamy po atómoch: pri prvom rozdiele priradíme vyššiu prioritu skupine s vyšším protónovým číslom.
  3. Ak i v tomto prípade nastane zhoda, každý atóm v týchto zoznamoch sa nahradí ďalším zoznamom atómov, ktoré sú naňho naviazané (vo vzdialenosti 3 od stereocentra); tieto nové zoznamy sú znovu usporiadané zostupne podľa protónového čísla a celá štruktúra sa znovu porovnáva po jednotlivých atómoch. Proces sa rekurzívne opakuje až kým sa nerozhodne, ktorá skupina má vyššiu prioritu, zakaždým o jednu väzbu ďalej od stereocentra.

Izotopy

Ak sa dve skupiny líšia len v izotopoch, tak má prioritu vyššia atómová hmotnosť.

Dvojité a trojité väzby

upraviť | upraviť zdroj
Tento príklad ukazuje pravidlo „rozdelenia a zdvojenia“ pre dvojité väzby. Vinylová skupina (C=C) alebo alkénová časť má vyššiu prioritu oproti alkánovej (C-C) časti.

Ak je atóm A viazaný dvojitou väzbou na atóm B, atóm A je vnímaný ako viazaný obyčajnou väzbou na dva atómy: atóm B a „fantómový atóm“, ktorý je duplikátom B (má zhodné atómové číslo), ale nie je naviazaný na nič iné okrem atómu A. Keď je B nahradené zoznamom naviazaných atómov, vynechá sa atóm A, ale nie jeho „fantómový atóm“; atóm A sa vynechá, aby sa zabránilo návratu po väzbe, po ktorej sa postupovalo k atómu B. Postup pri trojitej väzbe je potom rovnaký, len majú atómy A i B dva fantómové atómy toho druhého.5

Geometrické izoméry

upraviť | upraviť zdroj

Ak sú dva substituenty na vzájomné atóme geometrické izoméry, má Z-izomér prednosť oproti E-izoméru.

Cyklické molekuly

upraviť | upraviť zdroj

Pre molekuly, ktoré majú jeden alebo viac cyklov, je nutné najprv molekuly zapísať ako strom pomocou prechodu cez všetky možné cesty začínajúce u stereocentra. Ak sa znovu narazí na atóm, ktorý už sa v strome nachádza, vytvorí sa fantómový atóm podobne ako pri násobných väzbách, aby bol strom konečný. Jeden atóm v pôvodnej molekule sa teda môže v strome objaviť na viacerých miestach (niektoré ako fantómové atómy, niektoré ako pôvodné).15

Priradenie deskriptorov

upraviť | upraviť zdroj
Stereocentrá: R/S
upraviť | upraviť zdroj

Po tom, čo boli určené priority substituentov na stereocentre, molekula sa orientuje v priestore tak, aby skupina s najnižšou prioritou smerovala od pozorovateľa. Ak sú substituenty očíslované od 1 (najvyššia priorita) po 4 (najnižšia priorita), potom smer rotácie krivky prechádzajúcej cez vetvy označené 1, 2 a 3 odlíšiť stereoméry.7 Stereocentrum s rotáciou v smere hodinových ručičiek sa označuje ako R (rectus) a stereocentrum s rotáciou proti smeru hodinových ručičiek sa označuje S (sinister). Tieto názvy pochádzajú z latinských výrazov pre "vpravo" a "vľavo".1617

Dva príklady stereocentier. Substituent s najnižšou prioritou (číslo 4) je ukázaný len ako vlnovka a jeho umiestnenie sa predpokladá byť za zvyškom molekuly. Obe stereocentrá na obrázku majú konfiguráciu S.

Praktickou metódou určovania deskriptorov daného enantioméru je použitie pravidla pravej ruky: molekula sa objíme prstami pravej ruky v smere 1 → 2 → 3. Ak palec ukazuje smerom k štvrtému substituentu, enantiomér je R, inak je to S.

Príklad (s) deskriptoru: (1R,2s,3S)-1,2,3-trichlórocyklopentán

Vo výnimočných prípadoch sa môže stať, že sa substituenty líšia len v ich absolútnej konfigurácii (R alebo S). Ak je nutné určiť relatívne priority týchto substituentov, R má prioritu nad S. Ak nastane táto situácia, deskriptor stereocentra sa píše malým písmenom (r alebo s) namiesto veľkých písmen, ktoré sa bežne používajú.18

Dvojité väzby: E/Z

upraviť | upraviť zdroj

Pre alkény a iné molekuly s dvojitou väzbou sa používa rovnaký proces určovania priorít ich substituentov. V tomto prípade záleží na usporiadaní dvoch substituentov s najvyššou prioritou voči dvojitej väzbe. Ak sú oba substituenty na rovnakej strane väzby, teda v cis konfigurácii, tak je stereoméru priradený deskriptor Z (zusammen). Naopak ak sú v trans konfigurácii, tak je stereoméru priradený deskriptor E (entgegen). Tieto názvy sú odvodené z nemeckých výrazov pre „spolu“ a „oproti“.

V nasledujúcej tabuľke sú uvedené príklady použitia tohto názvoslovia.19

Určenie R/S pre niekoľko zlúčenín
Hypotetická molekula brómochlórofluórjódometán v jej (R)-konfigurácii by bola jednoduchá chirálna zlúčenina. Priority sú určené podľa protónového čísla (Z): jód (Z = 53) > bróm (Z = 35) > chlór (Z = 17) > fluór (Z = 9). Keď fluór (najnižšia priorita) ukazuje smerom od pozorovateľa, zvyšné atómy budú zoradené v smere hodinových ručičiek a teda bude mať táto molekula deskriptor R.
Pri určovaní L-serínu má najvyššiu prioritu dusík (Z = 7) v amínoskupine. Hydroxymetyl (CH2OH) i karboxylová skupina (COOH) majú uhlíkový atóm (Z = 6), ale vyššiu prioritu má COOH skupina spojená na druhý kyslík (Z = 8), zatiaľ čo v CH2OH skupine je uhlík viazaný na vodík (Z = 1). Najnižšiu prioritu má vodíkový atóm a keď tento atóm ukazuje smerom od pozorovateľa, tak sú substituenty zoradené proti smeru hodinových ručičiek, takže majú konfiguráciu S.
Stereocentrum v (S)-karvóne je viazané na jeden vodík (nie je ukázaný, priorita 4) a tri uhlíkové atómy. Izopropenylová skupina má prioritu 1 (má len uhlíkové atómy) a priorita zvyšných dvoch uhlíkových atómov je určená podľa uhlíkov na nich naviazaných: jeden je súčasťou ketoskupiny (O, O, C, priorita 2) a druhý súčasťou alkénu (C, C, H, priorita 3). Výsledná rotácia proti smeru hodinových ručičiek dáva deskriptor S.

Popis viacerých stereocentier

upraviť | upraviť zdroj

Ak má zlúčenina viac než jedno stereocentrum, každé centrum má deskriptor buď R, alebo S. Napríklad efedrín existuje v stereoizoméroch (1R,2S) a (1S,2R), ktoré sú vzájomnými zrkadlovými obrazmi - sú to teda enantioméry. Táto molekula potom existuje ešte v enantioméroch (1R,2R) a (1S,2S), ktoré sú nazývané pseudoefedrín namiesto efedrínu. Všetky štyri izoméry sa nazývajú 2-metylamíno-1-fenyl-1-propanol v systematickom názvosloví. Efedrín a pseudoefedrín sú diastereoméry, respektíve stereizoméry, ktoré nie sú enantioméry, pretože nie sú vzájomnými zrkadlovými obrazmi. Pseudoefedrín a efedrín majú rôzne názvy, pretože keďže sú to diasetereoméry, majú rôzne chemické vlastnosti, a to i v podobe racemátu.

Všeobecne platí, že pre akýkoľvek pár enantiomérov sú všetky deskriptory opačné: (R,R) a (S,S) sú enantioméry, rovnako ako (R,S) a (S,R). Diastereoméry majú aspoň jeden deskriptor spoločný: napríklad (R,S) a (R,R) sú diastereoméry, rovnako ako (S,R) a (S,S). Obdobne to platí i pre molekuly s väčším počtom stereocentier: ak majú stereoizoméry aspoň jeden deskriptor zhodný, sú to diastereoméry. Ak majú všetky deskriptory opačné, sú to enantioméry.

Ak numerické označenie stereocentier nie je unikátne kvôli symetrii celej molekuly, jedná sa o mezozlúčeninu, ako je napríklad kyselina mezo-vínna, u ktorej je (R,S) forma rovnaká ako (S,R) forma. V mezo zlúčeninách sa R a S stereocentrá nachádzajú v symetricky umiestnených pároch.

Relatívna konfigurácia

upraviť | upraviť zdroj

Relatívna konfigurácia dvoch stereoizomérov môže byť značená pomocou deskriptorov R a S s hviezdičkou (*). (R*,R*) znamená, že dve centrá majú rovnakú konfiguráciu, teda (R,R) alebo (S,S); (R*,S*) naznačuje dve centrá s opačnou konfiguráciou, teda (R,S) alebo (S,R). Pri tomto použití je stereogénne centrum s najnižším číslom (podľa číslovania podľa IUPAC) označené deskriptorom R*.

Pri určení dvoch anomérov sa využívajú relatívne stereodeskriptory alfa (α) a beta (β). Pri α anomére májú anomérny uhlík a referenčný atóm opačné konfigurácie (R,S) alebo (S,R), zatiaľ čo pri β anomére sú zhodné, (R,R) alebo (S,S).20

Pozri aj: Prochiralita
Acetofenón a α-fenyletanol.

Stereochémia sa objavuje i pri určovaní strán u trigonálnych molekúl ako sú ketóny. Nukleofil môže v nukleofilnej adícii pristúpiť ku karbonylovej skupine z dvoch opačných strán. Ak achirálny nukleofil atakuje acetón, obe strany sú identické a vzniká len jeden produkt. Ak nukleofil atakuje butanón, strany sú rôzne (enantiotopické) a vzniká racemát. Ak je nukleofil chirálny, vznikajú diastereoméry. Ak je jedna strana molekuly zakrytá substituentmi alebo geometrickými obmedzeniami v porovnaní s druhou stranou, nazývajú sa strany diastereotopické. Na určenie strany sa využívajú rovnaké pravidlá ako pri určovaní stereocentrier. Strany sa potom nazývajú Re-strana a Si-strana.2122 V príklade napravo je acetofenón zobrazený z Re-strany. Pri adícii hydridu (redukcia) na túto stranu vzniká (S)-enantiomér a pri adícii na Si-stranu vzniká (R)-enantiomér. Je však nutné si uvedomiť, že adícia na prochirálne centrum z Re-strany nemusí vždy viesť k (S)-stereocentru, keďže sa musí uvážiť priorita adovanej skupiny. To znamená, že stereochémia produktu musí byť určená samostatne a nedá sa všeobecne určiť podľa toho, na ktorú stranu bola skupina adovaná. V uvedenom príklade by pri ataku chloridu (Z = 17) na prochirálne centrum z Re-strany vznikol (R)-enantiomér.

  1. PřF:C2021 Organická chemie I - Informace o předmětu online. is.muni.cz, cit. 2022-10-05. Dostupné online.
  2. PřF:C2700 Organická chemie - Informace o předmětu online. is.muni.cz, cit. 2022-09-13. Dostupné online.
  3. a b LITERÁK, Jaromír. Prostorové uspořádání molekul organických sloučenin online. Cit. 2022-10-05. Dostupné online. nefunkčný odkaz
  4. BŘÍŽĎALA, Jan. Organická chemie pro gymnázia. Třebíč : s.n., 2020. (1. vydání.) Dostupné online. ISBN 978-80-270-8161-5.
  5. a b c d CROSS, L.C; KLYNE, W.. Rules for the Nomenclature of Organic Chemistry: Section E: Stereochemistry (Recommendations 1974). s.l. : s.n., 1974. Dostupné online. ISBN 978-0-08-021019-3.
  6. MARCH, Jerry; MICHAEL B., Smith. March's advanced organic chemistry : reactions, mechanisms, and structure. 6.. vyd. Hoboken, NJ : Wiley-Interscience, 2007. ISBN 978-0-471-72091-1. S. 155–162.
  7. a b c Cahnov-Ingoldov-Prelogov R,S-systém. In: BÍNA, Jaroslav. Malá encyklopédia chémie. Bratislava : Obzor, 1981. S. 155.
  8. a b „Zvyčajne“ nemusí vždy platiť - napríklad v prípade mezo-zlúčenín, ktoré majú chirálne centrá i rovinu symetrie, môžu byť niektoré stereoizoméry „degenerované“ (identické) práve kvôli symetrii roviny, takže tento matematický výraz nadhodnocuje celkový počet stereomérov. Viď Clayden, op. cit., str. 317.
  9. Clayden, Jonathan; Greeves, Nick; Warren, Stuart. Organic Chemistry. 2nd. vyd. Oxford, UK : Oxford University Press, 2012. Dostupné online. ISBN 978-0199270293. S. 316f.
  10. Cahn, R.S.; Ingold, C.K.; Prelog, V.. Specification of Molecular Chirality. Angewandte Chemie International Edition, 1966, s. 385–415. DOI10.1002/anie.196603851.
  11. Prelog, V.; Helmchen, G.. Basic Principles of the CIP-System and Proposals for a Revision. Angewandte Chemie International Edition, 1982, s. 567–58. DOI10.1002/anie.198205671.
  12. IUPAC Chemical Nomenclature and Structure Representation Division (2013). "P-9". In Favre, Henri A.; Powell, Warren H. (eds.). Nomenclature of Organic Chemistry: IUPAC Recommendations and Preferred Names 2013. IUPAC–RSC. ISBN 978-0-85404-182-4.
  13. Algorithmic Analysis of Cahn-Ingold-Prelog Rules of Stereochemistry: Proposals for Revised Rules and a Guide for Machine Implementation. Journal of Chemical Information and Modeling, 30 July 2018, s. 1755–1765. Dostupné online. DOI10.1021/acs.jcim.8b00324. PMID 30059222. nefunkčný odkaz
  14. Mayfield, John; Lowe, Daniel; Sayle, Roger (2017). Comparing CIP implementations: The need for an open CIP. Abstracts of papers of the American Chemical Society. 254. Retrieved 2020-07-22. Abstract on publisher web sitenefunkčný odkazFree registration required
  15. Basic Principles of the CIP-System and Proposals for a Revision. Angewandte Chemie International Edition in English, August 1982, s. 567–583. DOI10.1002/anie.198205671.
  16. KLEIN, David R.. Organic Chemistry. 2nd. vyd. s.l. : Wiley, 2013-12-31. ISBN 978-1118454312. S. 203. (po anglicky)
  17. An introduction to the sequence rule: A system for the specification of absolute configuration. Journal of Chemical Education, March 1964, s. 116. DOI10.1021/ed041p116.
  18. IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). Online corrected version:  (2006–) "pseudo-asymmetric carbon atom". DOI:10.1351/goldbook.P04921
  19. Harold Hart; Christopher M. Hadad; Leslie E. Craine. Organic Chemistry: A Short Course. s.l. : Cengage Learning, 1 January 2011. Dostupné online. ISBN 978-1-133-17283-3. S. 177–.
  20. IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). Online corrected version:  (2006–) "Relative Configuration". DOI:10.1351/goldbook.R05260
  21. Moss, G. P.. Basic terminology of stereochemistry (IUPAC Recommendations 1996). Pure and Applied Chemistry, 1996, s. 2193-2222. DOI10.1351/pac199668122193.
  22. IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). Online corrected version:  (2006–) "Re, Si". DOI:10.1351/goldbook.R05308

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Cahn–Ingold–Prelog priority rules na anglickej Wikipédii.

Zdroj:
Text je dostupný za podmienok Creative Commons Attribution/Share-Alike License 3.0 Unported; prípadne za ďalších podmienok. Podrobnejšie informácie nájdete na stránke Podmienky použitia.
Zdroj: Wikipedia.org - čítajte viac o Cahnov-Ingoldov-Prelogov R,S-systém





Text je dostupný za podmienok Creative Commons Attribution/Share-Alike License 3.0 Unported; prípadne za ďalších podmienok.
Podrobnejšie informácie nájdete na stránke Podmienky použitia.

Your browser doesn’t support the object tag.

www.astronomia.sk | www.biologia.sk | www.botanika.sk | www.dejiny.sk | www.economy.sk | www.elektrotechnika.sk | www.estetika.sk | www.farmakologia.sk | www.filozofia.sk | Fyzika | www.futurologia.sk | www.genetika.sk | www.chemia.sk | www.lingvistika.sk | www.politologia.sk | www.psychologia.sk | www.sexuologia.sk | www.sociologia.sk | www.veda.sk I www.zoologia.sk